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PCR新技術(shù)可確定疾病相關(guān)的遺傳變異

[內(nèi)容提要]:據(jù)了解,一種基于PCR的新檢測(cè)方法,可以在未受影響的個(gè)體中確定疾病相關(guān)的遺傳變異,從而能夠在兒童中構(gòu)建疾病傳播模型和評(píng)估疾病可能性。

據(jù)了解,一種基于PCR的新檢測(cè)方法,可以在未受影響的個(gè)體中確定疾病相關(guān)的遺傳變異,從而能夠在兒童中構(gòu)建疾病傳播模型和評(píng)估疾病可能性。在生育年齡之前導(dǎo)致嚴(yán)重出生缺陷和死亡的基因突變很罕見(jiàn),通常在父母雙方都不會(huì)檢測(cè)的到。由于不完全的外顯率,這種突變可能會(huì)越過(guò)數(shù)代人的間隔,許多突變被認(rèn)為在父母生殖細(xì)胞減數(shù)分裂期間開(kāi)始出現(xiàn),因此僅在生殖細(xì)胞和在孩子中檢測(cè)到它們。相反,體細(xì)胞突變,是通過(guò)受精和成人期之間發(fā)生的1016次有絲分裂中的錯(cuò)誤而產(chǎn)生的。如果這些突變發(fā)生在胚胎發(fā)育足夠早的階段,具有不同基因型的細(xì)胞系就可能出現(xiàn)在同一個(gè)人當(dāng)中,這被稱(chēng)為體細(xì)胞嵌合(somaticmosaicism)。

美國(guó)貝勒醫(yī)學(xué)院的PawelStankiewicz和JamesR.Lupski,研究被診斷為罕見(jiàn)遺傳疾病的兒童父母造血譜系中的體細(xì)胞嵌合,以更好地了解所傳遞的突變是如何出現(xiàn)的。他們的研究小組開(kāi)發(fā)出一種數(shù)學(xué)模型,用于評(píng)估后面出生孩子當(dāng)中疾病復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn),并用一種基于PCR的簡(jiǎn)單、敏感和特定的試驗(yàn)方法,來(lái)檢測(cè)父母血樣中的突變,以幫助遺傳咨詢師進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估。相關(guān)研究結(jié)果以兩篇論文的形式發(fā)表在[much]近的《AmJHumGenet》雜志。

意外新發(fā)現(xiàn)?

通過(guò)梳理臨床基因組數(shù)據(jù)庫(kù),研究人員在罕見(jiàn)遺傳疾病患者中發(fā)現(xiàn)了拷貝數(shù)變異(CNVs),臨床試驗(yàn)表明,這些突變是新生的。這些CNVs可能出現(xiàn)在有絲分裂期間,通過(guò)染色體斷裂,通過(guò)DNA復(fù)制過(guò)程中的錯(cuò)誤模板轉(zhuǎn)變,或者通過(guò)非等位基因的同源重組。

這兩項(xiàng)研究的作者IanCampbell指出:“我們偶然發(fā)現(xiàn)了一名具有缺失的患者,想檢測(cè)突變點(diǎn)。我們還測(cè)試了來(lái)自父母的DNA,驚奇地發(fā)現(xiàn),在父親中存在低水平的相同缺失。”

Lupski評(píng)論說(shuō):“你可以稱(chēng)它為意外新發(fā)現(xiàn),或者你可以叫它聽(tīng)從于你的顧問(wèn)并進(jìn)行適當(dāng)?shù)目刂啤R郧爱?dāng)我們考慮新突變的時(shí)候,我們認(rèn)為它們只發(fā)生在生殖細(xì)胞中。”

找到突變點(diǎn)

通過(guò)建立一個(gè)多中心國(guó)際合作,該研究小組挑選了100個(gè)無(wú)關(guān)家庭,他們的孩子受基因組疾病的影響,其CNV數(shù)據(jù)是有效可得的。這些缺失[much]初是通過(guò)美國(guó)和歐洲臨床診斷實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行的單核苷酸多態(tài)性(SNP)陣列或比較基因組雜交(aCGH)分析而確定的。

這些PCR試驗(yàn)提供了相當(dāng)大的優(yōu)勢(shì),作為診斷方法超過(guò)了直接Sanger測(cè)序或全外顯子組或基因組測(cè)序,它們更加敏感、成本更低,結(jié)果更易于分析和解釋。研究人員選擇了外周血淋巴細(xì)胞用于后續(xù)分析,因?yàn)檫@些細(xì)胞共有一個(gè)相同的前體、外胚層組織及早期胚胎生殖細(xì)胞。因此,發(fā)生在外胚層分化之前的一次缺失事件,可能會(huì)導(dǎo)致生殖細(xì)胞系和造血細(xì)胞系的嵌合性。

從選定的100個(gè)家庭中,研究小組發(fā)現(xiàn),在受影響兒童的父母中,有4%的人表現(xiàn)出突變嵌合。Campbell說(shuō):“我們認(rèn)為,這個(gè)比例會(huì)更高,因?yàn)槲覀冎粶y(cè)試了一種比較容易分離的組織(血液)。在后續(xù)研究中,我們想測(cè)試不同類(lèi)型的細(xì)胞。”

評(píng)估復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)

雖然只進(jìn)行血液檢測(cè)可能會(huì)低估嵌合性的普遍性,但是對(duì)于評(píng)估下一個(gè)孩子疾病復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn),這還是非常有用的信息。

這項(xiàng)研究的合作者、貝勒醫(yī)學(xué)院和萊斯大學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)家ChadShaw說(shuō):“遺傳學(xué)界認(rèn)為,新突變發(fā)生在父母生殖細(xì)胞發(fā)育的后期階段,這對(duì)復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的觀念有影響。一旦研究小組具有嵌合性的經(jīng)驗(yàn)數(shù)據(jù),我們就可以積極地探索,每名父母所引起的風(fēng)險(xiǎn)。對(duì)于父親來(lái)說(shuō),有直接的生殖細(xì)胞取樣方法,但是實(shí)際上比這更復(fù)雜,因?yàn)槲覀冃枰M胚胎發(fā)育中突變的出現(xiàn)。”

與卵子相比,在精子細(xì)胞系中有更多的細(xì)胞分裂,因?yàn)楦赣H在一生中必須產(chǎn)生更多精子,遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)母親的卵子數(shù)。在此基礎(chǔ)上,我們可以合理地假設(shè),父親傳遞一個(gè)新突變的風(fēng)險(xiǎn)可能高于母親。然而,她再生育具有相同基因組疾病孩子的風(fēng)險(xiǎn)實(shí)際上也會(huì)升高,因?yàn)榕c精子相比,卵子間無(wú)性系祖細(xì)胞的共享增加;母親也更可能發(fā)生該突變的體細(xì)胞嵌合。

Campbell解釋說(shuō):“平均而言,具有有絲分裂新突變的精原細(xì)胞,會(huì)產(chǎn)生更小的精母細(xì)胞庫(kù)。母親的所有卵子都發(fā)生在胚胎早期,跟隨較少的有絲分裂(卵子大約30次,精子大約400次)。因此,平均而言,有較大數(shù)量的卵子共有相同的突變,我們?cè)谀承連鎖疾病(如杜氏肌營(yíng)養(yǎng)不良癥)中看到了這一現(xiàn)象。”

據(jù)向相關(guān)人士介紹,這些發(fā)現(xiàn)將有助于指導(dǎo)下一個(gè)小孩有遺傳疾病風(fēng)險(xiǎn)的夫婦,但是髙至的影響可能是我們將會(huì)對(duì)“新生突變對(duì)后代的影響”了解更多。

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